I Ant Destroyer 2 vil du fortsætte med at bekæmpe de myrer, der er kommet ind i dit hus. Et bestemt område vil være synligt på skærmen foran dig. Myrer vil kravle ud fra forskellige retninger. De vil alle bevæge sig med forskellige hastigheder. Du bliver nødt til at vælge mål og begynde at klikke på dem med musen. På denne måde vil du ødelægge dem og få point for det.