En modig ninjakriger faldt i en fælde, og nu er hans liv i fare. Du i spillet Ninja Jump & Run vil hjælpe helten med at overleve og komme ud af det. Din helt bliver nødt til at løbe på platforme, der dukker op ud af ingenting og rotere i rummet. Alle vil være adskilt af en vis afstand. Derfor, når ninjaen løber op til kanten af en platform, bliver han nødt til at springe og flyve gennem luften for at finde sig selv på en anden platform.