Der er kommet mørke tider for Mushroom Kingdom, hvor Mario bor. Pludselig fra et sted i nord dukkede en hær af uhyggelige monstre op og angreb grænserne, brød igennem forsvaret og brød ind i platformens verden. Mario måtte tage et seriøst våben for at konfrontere frygtelige fjender, og din hjælp i Super Mario Commander vil ikke skade ham.